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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
29/11/2019 |
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Data da última atualização: |
02/12/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
SILVA, V. da; RAMOS, M.; GROENEN, M.; CROOIJMANS, R.; JOHANSSON, A.; REGITANO, L. C. de A.; COUTINHO, L.; ZIMMER, R.; WALDRON, L.; GEISTLINGER, L. |
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Afiliação: |
Vinicius da Silva, Wageningen University and Research; Marcel Ramos, Swedish University of Agricultural Sciences; Martien Groenen, Wageningen University and Research; Richard Crooijmans, Wageningen University and Research; Anna Johansson, Swedish University of Agricultural Sciences; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; Luiz Coutinho, USP; Ralf Zimmer, Universität München; Levi Waldron, University of New York; Ludwig Geistlinger, University of New York. |
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Título: |
CNVRanger: association analysis of CNVs with geneexpression and quantitative phenotypes. |
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Ano de publicação: |
2020 |
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Fonte/Imprenta: |
Bioinformatics, v. 36, n. 3, p. 972-973, 2020. |
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DOI: |
10.1093/bioinformatics/btz632 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Copy number variation (CNV) is a major type of structural genomic variation that is increasingly studied acrossdifferent species for association with diseases and production traits. Established protocols for experimental detection andcomputational inference of CNVs from SNP array and next-generation sequencing data are available. We present theCNVRangerR/Bioconductor package which implements a comprehensive toolbox for structured downstream analysis ofCNVs. This includes functionality for summarizing individual CNV calls across a population, assessing overlap with func-tional genomic regions, and genome-wide association analysis with gene expression and quantitative phenotypes. |
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Palavras-Chave: |
Expressão gênica; Fenótipos quantitativos; Genomic hybridization; Quantitative phenotypes; Structural genomic. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/218623/1/CNVRanger.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agrossilvipastoril. |
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Data corrente: |
14/01/2019 |
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Data da última atualização: |
16/08/2019 |
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Tipo da produção científica: |
Capítulo em Livro Técnico-Científico |
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Autoria: |
COLETTI, A. J.; MONTEIRO, R. A. C.; LAZARINI, E. |
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Afiliação: |
ADMAR JUNIOR COLETTI, UFMT, SINOP; ROBERTA APARECIDA C MONTEIRO, CNPGL; EDSON LAZARINI, UNESP, ILHA SOLTEIRA. |
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Título: |
Consórcio milho x braquiária em sistemas integrados de produção de leite. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
In: FARIAS NETO, A. L. de; NASCIMENTO, A. F. do; ROSSONI, A. L.; MAGALHÃES, C. A. de S.; ITUASSU, D. R.; HOOGERHEIDE, E. S. S.; IKEDA, F. S.; FERNANDES JUNIOR, F.; FARIA, G. R.; ISERNHAGEN, I.; VENDRUSCULO, L. G.; MORALES, M. M.; CARNEVALLI, R. A. (Ed.). Embrapa Agrossilvipastoril: primeiras contribuições para o desenvolvimento de uma agropecuária sustentável. Brasília, DF: Embrapa, 2019. pt. 4, cap. 29, p. 341-345. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
O milho é uma cultura que se destaca em sistemas integrados de produção pelas inúmeras aplicações na propriedade agrícola, por apresentar bom desempenho em consórcio com forrageiras, além de possibilitar a colheita mecanizada, tanto para silagem quanto para grãos. Entretanto, pode apresentar baixo desempenho nas áreas sob influência direta das copas do eucalipto, uma vez que é uma espécie que não tolera sombreamento. A escolha das espécies forrageiras deve se apoiar na sua capacidade produtiva, tolerância ao sombreamento e adaptação às condições edafoclimáticas do local. Este último aspecto, é mais relevante em área de cerrado, com características particulares de solos ácidos, de baixa fertilidade e estação seca bem definida e prolongada. Com relação à tolerância ao sombreamento, espécies como Urochloa brizantha (cvs. Marandu, Xaraés e Piatã), U. decumbens cv. Basilisk, Panicum maximum (cvs. Aruana, Mombaça e Tanzânia) e Panicum spp. cv. Massai são consideradas tolerantes e com produção de forragem satisfatória em sistemas integrados, entretanto experimentos de longo prazo não tem comprovado essa tolerância em todas elas. Neste contexto, estudos com o estabelecimento do consórcio milho com Urochloa spp. nestes ambientes com baixa luminosidade ainda são escassos, principalmente porque o sistema de iLPF é dinâmico e complexo, em virtude das interações entre as culturas, animais e diversas práticas. Desta forma, é de fundamental importância ampliar os estudos científicos com culturas anuais consorciadas com espécies forrageiras e arbóreas. MenosO milho é uma cultura que se destaca em sistemas integrados de produção pelas inúmeras aplicações na propriedade agrícola, por apresentar bom desempenho em consórcio com forrageiras, além de possibilitar a colheita mecanizada, tanto para silagem quanto para grãos. Entretanto, pode apresentar baixo desempenho nas áreas sob influência direta das copas do eucalipto, uma vez que é uma espécie que não tolera sombreamento. A escolha das espécies forrageiras deve se apoiar na sua capacidade produtiva, tolerância ao sombreamento e adaptação às condições edafoclimáticas do local. Este último aspecto, é mais relevante em área de cerrado, com características particulares de solos ácidos, de baixa fertilidade e estação seca bem definida e prolongada. Com relação à tolerância ao sombreamento, espécies como Urochloa brizantha (cvs. Marandu, Xaraés e Piatã), U. decumbens cv. Basilisk, Panicum maximum (cvs. Aruana, Mombaça e Tanzânia) e Panicum spp. cv. Massai são consideradas tolerantes e com produção de forragem satisfatória em sistemas integrados, entretanto experimentos de longo prazo não tem comprovado essa tolerância em todas elas. Neste contexto, estudos com o estabelecimento do consórcio milho com Urochloa spp. nestes ambientes com baixa luminosidade ainda são escassos, principalmente porque o sistema de iLPF é dinâmico e complexo, em virtude das interações entre as culturas, animais e diversas práticas. Desta forma, é de fundamental importância ampliar os estudos científicos com cu... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Consorcio; Ilpf; Integracao lavoura-pecuaria-floresta; Mato Grosso; Sinop-MT; Sistema agrossilvipatoril; Sistemas integrados. |
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Thesagro: |
Brachiaria; Gado Leiteiro; Milho; Sistema de Produção. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/200379/1/2019-cpamt-agrossilvipastoril-part-4-cap-29-consorcio-milho-braquiaria-sistema-integrado-foco-producao-leite-p-341-345.pdf
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Marc: |
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245 $aConsórcio milho x braquiária em sistemas integrados de produção de leite.$h[electronic resource]
260 $c2019
520 $aO milho é uma cultura que se destaca em sistemas integrados de produção pelas inúmeras aplicações na propriedade agrícola, por apresentar bom desempenho em consórcio com forrageiras, além de possibilitar a colheita mecanizada, tanto para silagem quanto para grãos. Entretanto, pode apresentar baixo desempenho nas áreas sob influência direta das copas do eucalipto, uma vez que é uma espécie que não tolera sombreamento. A escolha das espécies forrageiras deve se apoiar na sua capacidade produtiva, tolerância ao sombreamento e adaptação às condições edafoclimáticas do local. Este último aspecto, é mais relevante em área de cerrado, com características particulares de solos ácidos, de baixa fertilidade e estação seca bem definida e prolongada. Com relação à tolerância ao sombreamento, espécies como Urochloa brizantha (cvs. Marandu, Xaraés e Piatã), U. decumbens cv. Basilisk, Panicum maximum (cvs. Aruana, Mombaça e Tanzânia) e Panicum spp. cv. Massai são consideradas tolerantes e com produção de forragem satisfatória em sistemas integrados, entretanto experimentos de longo prazo não tem comprovado essa tolerância em todas elas. Neste contexto, estudos com o estabelecimento do consórcio milho com Urochloa spp. nestes ambientes com baixa luminosidade ainda são escassos, principalmente porque o sistema de iLPF é dinâmico e complexo, em virtude das interações entre as culturas, animais e diversas práticas. Desta forma, é de fundamental importância ampliar os estudos científicos com culturas anuais consorciadas com espécies forrageiras e arbóreas.
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Registro original: |
Embrapa Agrossilvipastoril (CPAMT) |
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